Vào ngày 20 tháng 5 năm 1986, chỉ 4 ngày trước sinh nhật lần thứ 88 của mình, Taussig đang lái xe đưa một nhóm bạn đi bỏ phiếu trong một cuộc bầu cử địa phương thì đâm vào xe khác trên một giao lộ. Taussig tử vong tại chỗ.[2] Đại học Johns Hopkins đặt tên "Trung tâm Tim mạch Nhi khoa Helen B. Taussig" để vinh danh bà và năm 2005 Trường Đại học Y khoa Johns Hopkins đặt tên bà cho một trong bốn khoa của trường.[6] Đại học Gottingen (Đức) cũng đặt tên Taussig cho khoa tim mạch của mình vào năm 1965.[2]